Si è conclusa, dopo circa 34 anni di onorato servizio, la carriera operativa del Phantom in seno allo JagdGeschwader 74 "Moelders". Durante una solenne cerimonia tenutasi il 12 Giugno 2008, il comandante in capo della Luftwaffe tedesca, Generale Aarne Kreuzinger-Janik, ha ripercorso il lungo periodo di servizio che il reparto basato a Neuburg a.d. Donau, ha svolto con lo F-4F. Con questo evento, il servizio attivo del caccia statunitense nei cieli bavaresi risulta ufficialmente terminato.
E' dal 1974 che lo JG.74 utilizza il Phantom II per la difesa aerea, ruolo che verrà d'ora in poi ricoperto dall' Eurofighter EF-2000. Il reparto di Neuburg, come da tradizione ormai consolidata, ha celebrato l'evento decorando uno dei suoi Phantom (38+37) con una speciale livrea celebrativa. Tutti gli F-4F operativi risultano a questo punto in carico allo JG 71 "Richtofen" di base a Wittmund, nella Frisia Orientale, il quale avrà l'onore e l'ònere di essere l'ultima unità ad avere in linea il massiccio caccia della McDonnel-Douglas, in attesa di ricevere anch'essa l'Eurofighter.
Lo JG.74 ricevette i suoi primi EF-2000 il 25 luglio 2006. Con questi velivoli si è iniziato progressivamente a sostituire il Phantom nelle operazioni di volo fintanto che, nel Gennaio 2008, è iniziata la fase preparatoria e sperimentale finalizzata all'introduzione del caccia europeo nel vitale servizio di pronta reazione su allarme (QRA- Quick Reaction Alarm ). Questa fase si è conclusa il 3 Giugno scorso quando è stato notificato alla NATO l'assunzione del servizio di QRA da parte del Thyphoon.
L'evento di Neuburg costituisce pertanto una pietra miliare nel complesso iter dell'introduzione del nuovo sistema d'arma nella Luftwaffe. Tuttavia, durante tutto il periodo di durata dei Campionati di Calcio Europei, il servizio di QRA è stato ancora effettuato dal Phantom II, in collaborazione con i due paesi organizzatori, Austria e Svizzera. La cellula QRA presente a Neuburg, ha contribuito a rendere sicuri i cieli della Repubblica Federale di Germania svolgendo missioni di volo anche nei fine settimana, di giorno come di notte, durante tutto il mese di Giugno 2008.

Come base di principio, la responsabilità della sicurezza dei cieli dei paesi alleati anche in tempo di pace viene delegata alla NATO e regolata secondo gli schemi della NATO INTEGRATED AIR DEFENSE. Tuttavia, in certe condizioni, questa responsabilità può essere trasferita alle singole nazioni dell'Alleanza qualora si determini uno "Special Occurrence in the Airspace" ovvero un evento speciale che si verifica nello spazio aereo di responsabilità della singola nazione. Le contromisure attivabili sono molteplici e vanno dalla semplice identificazione ad una vera e propria intercettazione.
In Germania, similmente a quanto avviene nel nostro Paese, esistono due centri che hanno la responsabilità di esercitare in seno alla NATO il controllo dello spazio aereo. Questi possono attivare idonee misure di sicurezza per contrastare un potenziale pericolo. I centri sono conosciuti come CAOC (Combined Air Operation Center) e sono il CAOC-2 a Kalkar ed il CAOC-4 a Messtetten. Essi vengono coadiuvati da quattro centri di Comando e Controllo Aerotattico (TACC) della German Air Force.
Qualora un velivolo in volo nello spazio aereo tedesco non venga positivamente identificato ovvero mantenga un comportamento inusuale, come per esempio l'interruzione delle comunicazioni radio con l'ente di controllo del traffico oppure l'abbandono della la rotta autorizzata, può rendersi necessaria una identificazione visiva diretta. A questo scopo, una coppia armata di F-4F e di EF-2000 viene mantenuta costantemente in condizioni di "allerta 15" presso lo JG.71 "R" a Wittmund (settore settentrionale) e presso lo JG.74 "M" (settore meridionale), questo 24 ore al giorno e per sette giorni alla settimana. Questi elementi costituiscono appunto la cellula QRA. In caso di necessità, il tempo di reazione può essere ridotto fino ad un periodo di due minuti, in questo caso, i piloti sono costantemente presenti a bordo dei loro velivoli. Se richiesto, il CAOC può ordinare uno scramble. Lo stato d'allerta preventivamente dichiarato ed identificato mediante le lettere ALPHA, BRAVO o CHARLIE, determina l'urgenza o la criticità della missione e quindi il periodo di tempo in cui i caccia devono essere in volo.

Lo F-4F è una versione peculiare alla Forza Aerea Tedesca ed è basata sulla più diffusa versione E. Già impiegato in entrambi i ruoli di caccia, e caccia-bombardiere, il velivolo è attualmente in servizio con la Luftwaffe unicamente con compiti di difesa aerea.
Dal 1973 al 1975 i tedeschi ricevettero un totale di 175 F-4F Phantom II , codificati da 3701 a 3875, che andarono inizialmente ad equipaggiare lo JBG.35 di Pferdsfeld, lo JBG.36 di Hopstein, lo JG.71 di Wittmund e lo JG.74 di Neuburg. In seguito, con l'introduzione del Tornado, l'impiego dei Phantom venne ristretto alla sola difesa aerea ed il suo impiego pertanto cessò da parte dei JBG.35 e 36 però sostituiti dal JG.72, anch'esso a Hopstein e dal JG.73, inizialmente basato a Pferdsfeld e successivamente a Laage.
In conseguenza dei gravi ritardi riportati dal programma Eurofighter, la Luftwaffe intraprese un programma di potenziamento operativo dei suoi F-4F. Dal 1991 al 1996 infatti alcuni Phantom vennero sottoposti ad un aggiornamento del sistema d'arma nell'ambito del programma ICE (Improved Combat Efficiency) che coinvolse un totale di 110 cellule aggiornate allo standard LV per il ruolo di difesa aerea mediante l'implementazione di nuovi computer di missione, del radar AN/APG-65 (lo stesso impiegato inizialmente dallo F-18), l'adozione dei missili aria-aria a guida radar AMRAAM oltre ad apparati GPS.
Altri 40 velivoli, identificati come standard LA, ricevettero interventi minori e sostanzialmente limitati a nuovi apparati di navigazione. Attualmente rimangono in servizio unicamente velivoli della versione LV. A partire dal 2004, è iniziata la sostituzione dei Phantom II con lo Eurofighter Thyphoon che dovrebbe equipaggiare altre agli attuali JG.72 e JG 74, anche lo JG.71, il JBG.31 e lo JBG.33, anche se l'acquisizione dell'intero assetto Eurofighter inizialmente previsto è tuttora in discussione. Oltre ai 175 F-4F, la Luftwaffe ha utilizzato anche 88 RF-4E (da 3501 a 3588) e 10 F-4E (da 75-0628 a 637), questi ultimi impiegati a scopo addestrativo unicamente con colorazione ed insegne standard USAF, presso la base aerea di Holloman, New Mexico, sotto l'amministrazione del 35th TFW (tail code HO).
La radiazione dal servizio degli ultimi Phantom tedeschi, attualmente in servizio con lo JG.74, è prevista per il 2012; si chiuderà così definitivamente una capitolo durato quasi 40 anni.